饲料中添加抗生素具有防病、抗病、促生长的作用，对畜禽和水产养殖业发展和繁荣食品市场的起了重要的作用。但是，由于饲料中使用抗生素，或超量添加，不科学地使用人兽共用的抗生素，导致了动物源食品中抗生素残留超标。不仅影响了对外贸易，更重要的是，人类在食用后，抗生素就会积蓄在体内，使人体产生大量的耐药菌株，最终导致人体抗药性的增加，甚至出现了超级细菌。

另外，由于抗生素滥用而引发的食品安全事件也屡有发生，如消费者因食用虾仁出现氯霉素过敏，因为孕妇在吃大量抗生素残留的肉蛋禽导致新生儿对7种抗生素均有耐药性等现象。 根据最近美国农业部农业研究服务局和密歇根州立大学进行的一项研究显示，猪饲料中的抗生素增加了猪的抗药性，使猪成为“细菌猪”，对吃猪肉的人类有潜在的危害。鉴于抗生素的种种副作用和对食品安全的影响，欧盟已于2006年全面禁止在动物饲料中添加抗生素，而中国只是禁止添加某些品种的抗生素，且大部分是在出口产品被检出抗生素残留超标后的消极举动。韩国也在今年的7月1日起全面禁止动物饲料中添加抗生素。

对于养殖业中抗生素的使用，2002年我国农业部颁布的的公告第193号 《食品动物禁用的兽药及其它化合物清单》和2005年的农业部公告第560号 《兽药地方标准废止目录》，其中多种抗生素被列为禁用兽药。在2009年，农业部虽推出了《饲料添加剂安全使用规范》，详细规定了饲料添加中的维生素、氨基酸、微量元素和常量元素的部分品种，但仍未对饲料添加抗生素作明确规定。