到2006年11底，全省新型农村合作医疗以县为单位实现全覆盖，人口参保率90.5%，人均基金标准67元，均处于全国各省区之首。被誉之为"民心工程"、"德政工程"。

    据各地普遍反映，合作医疗经办机构缺乏工作经费问题是当前的突出矛盾。各地的工作经费普遍存在不落实、不到位的问题，以至于一些地方长期占用其它卫生事业经费，已影响到新农合制度的长期稳定发展。

    吴仪副总理多次强调，要提高合作医疗经办机构的服务能力，将各级经办机构人员和工作经费列入财政预算，解决有钱办事、有人管事问题。为此建议：

    第一，全省要明确合作医疗工作经费的补助标准和来源渠道。据测算，合作医疗工作经费按当地农村人口人均1.5～1.8元标准补助为宜，人口较少的县可高配（50万人口以下），人口较多的县可低配（100万人口以上）。建议省财政厅发文明确将此作为合作医疗工作经费的低限标准，并要求各地将工作经费纳入县级财政预算管理。对于经济薄弱地区，省可按50%的比例进行贴补。

    第二，妥善解决乡镇合作医疗工作人员的待遇问题。现在的乡镇合管办工作人员多由乡镇卫生院人员兼职，由于存在着利益上的关系，不利于合作医疗制度的监管。国家规定，乡镇合管办的工作人员可作为县合管办的派出人员，纳入县统一管理。建议每个乡镇按照2人的标准配备，由县合管办招聘，根据当地经济发展水平核定基本工资标准，统一办理养老保险、医疗保险和失业保险，所需费用在县合作医疗工作经费中支付。